Музей городской скульптуры является преемником Музея-Некрополя, основанного в 1932 г. с целью сохранения уникального собрания мемориальной скульптуры XVIII – начала ХХ века. Президиум Ленсовета 28 июля 1932 г. объявил Лазаревское кладбище бывшей Александро-Невской лавры Заповедником-музеем, присоединив к его территории соседнее Тихвинское и здание Благовещенской церкви для создания в них музея надгробной скульптуры.
В 1980 г. в музее городской скульптуры появился новый отдел – «Нарвские Триумфальные ворота»: внутри уникального памятника была создана экспозиция, посвященная Отечественной войне 1812 г. и истории создания триумфальных ворот.
В 2004 г. правительством Санкт-Петербурга музею городской скульптуры была передана мастерская выдающегося скульптора М.К. Аникушина. После завершения масштабных ремонтных работ в 2015 г. в филиале музея была открыта мемориальная экспозиция и площадка для современных выставочных проектов.
В 2012 г. музею был передан усадебный комплекс «Уткина дача» — памятник культурного наследия федерального значения. В настоящее время идет реставрация объекта, находившегося в аварийном состоянии. После завершения реставрационных работ музей планирует разместить в усадебном доме экспозиции из своих фондов.
